Naruto: Shippuden reprend les aventures d'un Naruto plus mature et de ses camarades ninjas de l'équipe Kakashi, réunis après une séparation de deux ans et demi.
Naruto revient à Hidden Leaf Village avec plus de puissance et d'endurance que jamais.
Il rêve toujours de devenir le prochain Hokage, mais des obstacles continuent de surgir pour lui barrer la route.