Am 4. Juli 2013 kündigte Namco Bandai Games Europe Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3 Full Burst an, erhältlich als Retail Pack oder herunterladbares Add-on und mit Unterstützung für PC. CyberConnect2 nannte es eine "Director's Cut"-Version des ursprünglichen Storm 3. Das Spiel hat eine Reihe von Ergänzungen, darunter verbesserte Filmsequenzen, alle zuvor veröffentlichten DLC-Kostüme (mit Ausnahme von Narutos Goku-Kostüm und Sakuras Hello Kitty-Kostüm), mehr Missionen und ein spielbarer Charakter sowie ein zusätzliches Kapitel im Story-Modus. Es wurde am 22. Oktober 2013 (25. Oktober 2013 für PC über Steam) in Nordamerika, am 24. Oktober 2013 für PS3 und Xbox 360 in Japan und am 31. Januar 2014 (25. Oktober 2013 für PC über Steam) in Europa veröffentlicht. Full Burst erzielte 80 von 100 Punkten auf Metacritic. Vandal lobte die Verbesserungen von Full Burst, insbesondere den Bosskampf zwischen den Uchiha-Brüdern und Kabuto. Worthplaying fand die neuen Missionen und Online-Funktionen attraktiv, dachte aber, dass nur Naruto-Fans es kaufen würden.

Die Geschichte konzentriert sich auf den Konflikt zwischen Ninjas aus allen Dörfern und der Terrororganisation Akatsuki, die als Weltkrieg zwischen den Gruppen beginnt. Sein Gameplay behält Elemente von Ultimate Ninja Storm 2 bei (wie Quick-Time-Events), fügt Hack-und-Slash-Szenarien und Optionen hinzu, um den Kampfschwierigkeitsgrad zu erhöhen.

Das Spiel hatte positive Kritiken und gute Verkäufe und übertraf damit seine Vorgänger aus der Serie. Kritiker lobten die Rückkehr der Bosskämpfe aus Storm 2, die Ultimate Decision-Mechanik und die verbesserte Grafik und Steuerung. Der Empfang der Story-Mode-Entwicklung, basierend auf der Anzahl der Zwischensequenzen, war gemischt. Mangelnde Tiefe in der Kampfmechanik und die Unterverwendung von Hack and Slash wurden kritisiert.

Eine Wiederveröffentlichung, Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3 Full Burst, wurde am 22. und 24. Oktober 2013 in Nordamerika bzw. Japan veröffentlicht. Die europäische Version wurde über drei Monate später, am 31. Januar 2014, veröffentlicht.

Eine Fortsetzung, Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 4, wurde 2016 veröffentlicht. Im Jahr 2017 hat CyberConnect2 es mit den ersten beiden Storm-Spielen als Trilogie wiederveröffentlicht. Das Spiel wurde in diesem Jahr auch online veröffentlicht.

Das Spiel hat 80 spielbare Charaktere und sieben unterstützende Charaktere (81 spielbare Charaktere und sieben unterstützende Charaktere in Full Burst) Das Kampfsystem wurde modifiziert, mit dem Awakening Mode, der jedem Charakter verbesserte Fähigkeiten verleiht, wenn seine Gesundheit niedrig ist und von bestimmten Charakteren während eines Kampfes verwendet werden kann. Das Gegenstandssystem wurde neu angeordnet, so dass ein Spieler zwischen heilenden und beleidigenden Gegenständen wählen kann. Im Laufe des Spiels kann der Spieler Gegenstände speichern, die er im Kampf verwenden kann.

Wie bei den vorherigen Spielen kann ein Spieler zwei Charaktere auswählen, um den Spielercharakter im Kampf zu unterstützen. Die Hilfscharaktere können dem spielbaren mit dreizehn Combos helfen. Im Teamangriffssystem kann ein Spieler Unterstützungscharaktere zum Anstürmen und Angreifen verwenden. Die Assistenten haben Gesundheitsbalken, verlieren ihre Gesundheit, wenn sie getroffen werden, und werden ungebrauchsfähig, wenn ihre Gesundheitsriegel aufgebraucht sind. Wenn ein Spieler einen Unterstützungscharakter hat, hat er zehn Gesundheitsbalken; wenn ein Spieler zwei Unterstützungscharaktere hat, hat jeder fünf Gesundheitsbalken. Mehrere Arenen sind interaktiv, so dass ein Spieler einen Kampf verliert, wenn er einen Bereich verlässt.

Der Story-Modus ähnelt Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 2 und nicht dem vorherigen Spiel, Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm Generations; es bietet Bosskämpfe, einschließlich schneller Zeitereignisse, die eine Strategie erfordern, um den Gegner zu besiegen. Der ultimative Entscheidungsmodus hat die Möglichkeit, die Kampfschwierigkeiten zu ändern, mit höheren Punktzahlen, wenn ein größerer Schwierigkeitsgrad gewählt wird.

Das Spiel hat Mob-Battles wie die Dynasty Warriors-Serie, in denen der Spieler einen Charakter steuert, der gegen eine Reihe von Feinden kämpfen muss. In diesem Modus wird die Steuerung aus regulären Kämpfen beibehalten und der Spieler kann ihn zu einem anderen Feind transportieren, nachdem er einen besiegt hat.