Mientras Naruto trata de superar la pérdida de su maestro entenando para convertise en Sennin, Pain lanza un devastador ataque contra la Villa de la Hoja. Tras el combate fraticida entre Sasuke e Itachi, Tsunade encomienda al Equipo Siete, incluido Naruto, la misión de encontrar a Hotaru, portadora del jutsu prohibido, y llevarla de regreso a su aldea. Sin embargo, ella, con la ayuda de Utakata, quiere cumplir el deseo de su abuelo: restaurar el honor del Clan Tsuchigumo. Después de esta misión, Naruto recibe la demoledora noticia de que su maestro Jiraiya ha sido asesinado por Pain, el líder de los Akatsuki, y decide entrenar con Fukasaku en el Monte Myoboku para convertise en Sennin. Pero en su ausencia, Pain ataca la Villa de la Hoja, dejando bajas, sufirmiento y destrucción a su paso. Naruto es la única esperanza para la supervivencia de la villa, pero, ¿conseguirá dominar el modo Sennin y llegar a tiempo?