Markus Prachensky wurde als Sohn des Architekten und Malers Wilhelm Nicolaus Prachensky geboren. Seine Mutter Henriette Hnidy entstammte einer k.u.k. Offiziersfamilie. Sein Cousin war der Innsbrucker Architekt Hubert Prachensky. Nach der Matura siedelte er 1952 nach Wien über und begann ein Architekturstudium an der Akademie der bildenden Künste Wien (mit Diplom). Ab 1953 studierte er dort zusätzlich Malerei. 1956 gründete Prachensky, gemeinsam mit Wolfgang Hollegha, Josef Mikl und Arnulf Rainer, die Künstlergruppe „Galerie nächst St. Stephan“, die sich um den Wiener Priester Otto Mauer, den Domprediger an St. Stephan, versammelte. 1957 wurde die Gruppe in einer umfangreichen Ausstellung der Wiener Secession vorgestellt. Prachensky wurde deren Mitglied. Von 1983 bis zu seiner Emeritierung 2000 hielt er eine Professur an der Akademie der Bildenden Künste Wien und war Leiter der Meisterschule für Malerei. Prachensky gilt als einer der wichtigsten Vertreter der österreichischen Avantgarde und des Informel in Österreich.