18. 2 Principle of FACE/Gel Retardation Assay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 3 Labelling of Oligosaccharides with ANTS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 4 Screening of Carbohydrate Ligands for Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 5 Measurement of Binding Constant for the Interaction Between Protein and ANTS-Labelled Carbohydrate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 6 Measurement of Binding Constant for the Interaction Between Protein and Native Carbohydrate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360 ~ The Application of Capillary Affinity Electrophoresis to the Analysis _ of Carbohydrate-Protein Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 2 Principle of CAE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 3 Determination of Association Constants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 4 Technical Procedures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366 General considerations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 5 Limitations of the Technique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 6 Application of CAE to the Analysis of Carbohydrate-Protein Interactions . . . . . . [tel]. 7 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 375 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 379 Definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 2 Technical Procedures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 3 Sample Detection and Sample Recovery . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 389 Autoradiography and staining . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 389 Sample detection by blotting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 389 Semipreparative ACE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 4 Analysis of Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391 Measuring sample mobilities - calculating a retardation coefficient . . . . . . . . . . . . 391 Graphical analysis of data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 392 Interpreting ACE patterns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393 Reverse ACE . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . [tel]. 5 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 397 Acknowledgements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 398 References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 398 Subject Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 399 XII List of Contributors Nebojsa Avdalovic John T. Gallagher Dionex Corporation Cancer Research Campaign Department of Medical Oncology 445 Lakeside Drive University of Manchester Sunnyvale, CA 94086 Christie CRC Research Centre Klaus Biemann Wilmslow Road Department of Chemistry Manchester M20 4BX Massachusetts Institute of Technology UK Cambridge, MA [tel] USA Geoffrey R.