Fils de Michel Louis Charette, chevalier, seigneur de La Contrie, et de Marie Anne de La Garde de Monjeu, François Charette naît le 2 mai 1763 à Couffé. Il entre à l'école des Gardes de la Marine en 1779, sert ensuite sous le comte de La Motte-Picquet et l'amiral comte de Guichen. À l'âge de vingt-quatre ans, il obtient en 1787 le grade de lieutenant de vaisseau. Il compte trois ans plus tard onze campagnes à son actif, dont quelques-unes en Amérique. Il est envoyé en mer du Nord, en Russie, puis se bat contre les Barbaresques, et aux côtés des Ottomans contre les Grecs. Le 25 mai 1790, à vingt-sept ans, il épouse à Nantes, dans la paroisse de Saint-Denis, Marie-Angélique Josnet de La Doussetière, veuve de son cousin Louis Charette, âgée de quarante et un ans, et s'établit au manoir de Fonteclose, à La Garnache, près de Challans en Vendée. Selon des auteurs du xixe et du xxe siècle, comme Le Bouvier-Desmortiers, G. Lenotre, Françoise Kermina ou Michel de Saint Pierre, Charette émigre à Coblence entre 1791 et 17924. Cependant pour l'historien Lionel Dumarcet, l'émigration de Charette n'est aucunement prouvée, d'autant que son nom n'apparaît sur aucune liste d'émigrés alors que « se faire inscrire était pourtant l'une des principales obligations quand on arrivait à Coblentz ». Selon Le Bouvier-Desmortiers et d'autres biographes du xixe siècle, Charette retourne en France et participe à la défense du Palais des Tuileries, lors de la Journée du 10 août 17925. Cependant, la présence de Charette à Paris et sa participation à ces événements est également douteuse selon Lionel Dumarcet.