Natural Doctrine démarre sur les chapeaux de roue. Au travers des yeux de Geoff et Vasily, jeunes héros typiques des RPG nippons – et mercenaires de leur état, vous découvrez un monde en perdition où les humains restants disputent aux Gobelins, Orcs et autres bêtes sauvages douées d’intelligence le contrôle du Pluton, source inépuisable de puissance. Accompagnés par leur belle commanditaire, Anka, et leur puissant mentor, Zeke, ils tentent de faire leur chemin à travers les mines en quête du précieux minerai quand ils tombent sur un os. Ou un exosquelette plus précisément puisque c'est une nouvelle race insectoïde géante (ou Gorians) qui les menace désormais, et à travers eux l'humanité entière. C'est cette découverte qui signifiera le début d'une aventure impitoyable tant pour les protagonistes que pour le joueur.