Pologne, 1944. Un groupe de prisonniers juifs est conduit vers un camp de concentration nazi où une sinistre sélection met d'un côté un jeune adolescent et de l'autre le restant de sa famille. Comprenant leur funeste destin, le garçon, agissant par instinct, veut rejoindre ses parents mais les gardes ne peuvent l'emmener, son corps étant bloqué par l'attraction magnétique qui le lie aux portes du camp de la mort. Ce n'est qu'une fois assommé que le garçon est emmené alors que ses proches sont exterminés. Soixante ans plus tard, aux États-Unis, un vieil homme quitte en colère une assemblée où le sénateur Robert Kelly prône une loi pour l'identification et l'enfermement des mutants dont l'existence vient d'être révélée au monde. Il est suivi par un homme en fauteuil roulant qui tente de le convaincre de changer d'avis et de laisser une chance aux humains de bien se conduire pour une fois. Erik Lehnsherr, alias Magnéto, survivant des camps de la mort, refuse de courir le risque de finir à nouveau dans un tel endroit et éconduit son ancien ami Charles Xavier.