Jason Bourne ist der CIA-Elitekiller, der jede Erinnerung an seine Identität verloren hat. Mit Hilfe der Treadstone-Mitarbeiterin Nicky Parsons und des Journalisten Sam Ross jagt Jason um den halben Erdball, um endlich den Mann zu stellen, der ihn zu einem willenlosen Auftragsmörder umformte. Doch Bournes skrupelloser Schöpfer setzt eine Gruppe ganz neuer, tödlicher Agenten ein, um die Geheimnisse seiner mysteriösen Blackbriar-Organisation zu schützen. Auf den Straßen New Yorks kommt es zum furiosen Endkampf der Agenten, den Bourne vielleicht nicht überleben wird.