PC-Bakterien! ist im Mikrokosmos angesiedelt. Ein bösartiger Angriff böser Bakterien und Viren gefährdet den Organismus. Sie übernehmen die Rolle von Mikky, der wurmartigen Hauptverteidigungsmikrobe, und müssen den Organismus gegen die mikroskopisch kleinen Bösewichte verteidigen. Mikky wird diese Aufgabe nicht alleine bewältigen können, aber er bekommt die Hilfe verbündeter Zellen, nämlich der eiligen Helferzellen und der hungrigen, aber trägen Futterzellen. Gemeinsam müssen Mikky und seine Verbündeten die sich vermehrenden Feinde eliminieren, um den Organismus zu retten.

PC-Bakterien! ist ein isometrisches Puzzlespiel gegen die Zeit. In jedem Level besteht das grundlegende Ziel darin, den Organismus von allen Bakterien und Viren zu befreien. Da sich die Feinde ständig vermehren, wenn der Platz dafür vorhanden ist, muss dieses Ziel erreicht werden, bevor zu viele Feinde in der Nähe sind. Mikky ist der einzige Charakter, den Sie direkt steuern. Sie müssen die Helferzellen anweisen, die Feinde zu markieren, indem Sie Mikky zu Ihren Verbündeten bewegen, dann können die Futterzellen die Tiere fressen.

Allerdings sind Ihre Freunde nicht die Klügsten und Sie müssen ihnen helfen, ihre Ziele zu finden. Wenn die Feinde nicht in ihrer Nähe sind, bewegen sich die verbündeten Zellen einfach ziellos umher. Mikky selbst kann den Zellen als Hindernis dabei helfen, ihren Weg zu finden, effektiver ist es jedoch, die Gegenstände zu nutzen, die die Hauptmikrobe aufnehmen kann. Platzieren Sie Barrieren und Pfeile, um die Zellen zu den Bakterien und Viren zu führen. Auch einige weniger gebräuchliche Gegenstände wie eine Pfeife können hilfreich sein.

Die ersten Feinde sind unbeweglich und tun nichts anderes als sich zu vermehren, doch später trifft man auch auf sich bewegende Bakterien, Feinde, die nur unter bestimmten Bedingungen besiegt werden können, und sogar Raubtiere, die die Helferzellen zerstören. Möglicherweise finden Sie in einem Level auch keine Hilfszellen und müssen diese zunächst selbst erstellen. Im Laufe des Spiels werden verschiedene Puzzle-Elemente eingeführt, wie zum Beispiel Enzyme, die durch die Bildung von Gewebe neue Wege eröffnen, Nerven, die bestimmte Impulse auslösen, mehrere Schichten oder Alkoholbakterien, die man mit Bier weglocken muss ...

Sie können zwischen drei Schwierigkeitsgraden wählen, wobei der einfachste ein Trainingslevel ohne die Vermehrung von Feinden ist. Für jedes Level wird Ihr Highscore gespeichert. Sie erhalten Punkte für verschiedene Dinge, wie zum Beispiel das Unterweisen von Helferzellen, das Sammeln bestimmter Gegenstände oder das Eliminieren von Feinden. Außerdem erhältst du am Ende eines Levels Bonuspunkte, abhängig davon, wie schnell du warst und vom Schwierigkeitsgrad.